Thermofisher Qubit dsDNA HS Assay Kit (Q32854) 用戶指南：高靈敏度核酸定量技術方案

一、產品核心特性與檢測原理

1. 技術背景與試劑盒組成

• 檢測原理：基于熒光染料特異性結合雙鏈DNA（dsDNA）的特性，通過PicoGreen染料與dsDNA結合后熒光信號增強數千倍，實現高靈敏度定量。

• 試劑盒組成：

• DSDNA HS Assay Reagent（試劑A）：200×濃縮液（1.25 mL），含PicoGreen染料；

• DSDNA HS Assay Buffer（緩沖B）：250 mL，用于稀釋樣品與試劑；

• 標準品1（C組份）：0 ng/μL dsDNA（TE緩沖液）；

• 標準品2（D組份）：10 ng/μL dsDNA（TE緩沖液）。

• 兼容性：適用于Qubit 2.0/3.0/4.0熒光計及熒光酶標儀，支持單次檢測1-20 μL樣品。

2. 性能指標與優勢

• 靈敏度：可檢測低至0.2 ng/μL（200 pg/mL）的dsDNA，線性范圍10 pg/μL至100 ng/μL；

• 特異性：對dsDNA的選擇性＞99%，不受ssDNA、RNA、蛋白質或鹽離子干擾；

• 準確性：與qPCR結果相關性R2＞0.99，CV值＜5%（50次重復實驗）；

• 抗污染性：耐受1% SDS、500 mM NaCl、1 mg/mL BSA等常見污染物。

二、典型應用場景與實驗方案

1. NGS文庫定量與質控

• 實驗設計：

1. 提取DNA后，使用Qubit dsDNA HS Assay Kit定量文庫濃度；

2. 稀釋文庫至推薦濃度（如Illumina平臺需2-10 nM），結合Qubit結果與Agilent 2100生物分析儀檢測片段分布。

• 結果示例：

• 定量某NGS文庫，Qubit檢測濃度為4.5 ng/μL（約2.8 nM），Agilent 2100顯示主峰位于350 bp，符合預期；

• 對比紫外分光光度計（Nanodrop）結果，Qubit濃度低15%，因Nanodrop高估了RNA與蛋白質污染。

2. 臨床樣本DNA定量

• 實驗設計：

1. 提取患者外周血或組織DNA，使用Qubit檢測濃度；

2. 結合qPCR驗證基因拷貝數變異（如腫瘤突變負荷檢測）。

• 結果示例：

• 定量乳腺癌患者cfDNA，Qubit檢測濃度為8.2 ng/μL，qPCR顯示TP53突變頻率為12%，與病理診斷一致；

• 對比紫外法，Qubit濃度誤差率＜8%，而Nanodrop誤差率達25%。

3. 微生物DNA定量

• 實驗設計：

1. 提取細菌/病毒DNA，使用Qubit檢測濃度；

2. 結合qPCR或數字PCR分析病原載量（如病毒載量檢測）。

• 結果示例：

• 定量新冠病毒RNA提取產物，Qubit檢測濃度為3.1 ng/μL（約1.9×10? copies/μL），qPCR結果與之高度相關（R2=0.98）；

• 對比紫外法，Qubit檢測下限低10倍，適合低載量樣本。

三、操作規范與注意事項

1. 實驗前準備

• 試劑配制：

1. 將試劑A與緩沖B按1:200稀釋（如10 μL試劑A + 2 mL緩沖B），制備工作液；

2. 標準品1與標準品2無需稀釋，直接使用。

• 儀器校準：

• 使用Qubit儀器時，選擇“dsDNA HS Assay"程序，預熱10分鐘；

• 使用酶標儀時，設置激發波長480 nm，發射波長520 nm。

2. 檢測流程

• 標準曲線建立：

1. 取200 μL工作液分別加入2支Qubit管，加入10 μL標準品1與標準品2；

2. 混勻后避光孵育2分鐘，插入Qubit儀器檢測，生成標準曲線。

• 樣品檢測：

1. 取200 μL工作液加入Qubit管，加入1-20 μL樣品（建議體積1 μL）；

2. 混勻后孵育2分鐘，檢測并記錄濃度。

3. 實驗后處理

• 廢棄物處理：

• 含染料的廢棄液按生物危害品處理，避免直接排放；

• 未使用的標準品與工作液可4℃保存1周，但建議現用現配。

• 儀器維護：

• Qubit管使用后立即丟棄，避免重復使用；

• 酶標儀定期清潔光路，避免染料殘留。

四、常見問題解答

Q1：Qubit檢測結果與qPCR差異較大？
A：

1. 檢查qPCR引物特異性，避免非特異性擴增；

2. 確認Qubit檢測范圍（10 pg/μL-100 ng/μL），超范圍樣本需稀釋；

3. 對比qPCR標準曲線，確認擴增效率（90%-110%）。

Q2：樣品中含RNA或蛋白質如何處理？
A：

1. Qubit染料對dsDNA特異性＞99%，無需額外純化；

2. 若需同時檢測RNA，可使用Qubit RNA BR Assay Kit（貨號Q32852）。

Q3：如何延長試劑盒有效期？
A：

1. 試劑A避光保存于-20℃，避免反復凍融；

2. 緩沖B與標準品4℃保存，避免高溫或光照；

3. 開封后試劑盒6個月內使用完畢。